De Novo测序，指的是在缺乏任何数据库参考的前提下，通过高分辨率质谱仪采集到的MS/MS碎片离子数据，直接从蛋白质推断出氨基酸序列。这一技术的关键在于将蛋白酶解为大量可覆盖全序列的短肽段，通过算法解析这些片段的碎片谱图，并在之后进行序列拼接，从而获得抗体轻链与重链的全长序列。与依赖数据库比对的方法相比，De Novo测序真正实现了从蛋白出发、还原全序列的能力，尤其适用于天然来源抗体、动物免疫抗体、临床样本抗体、以及已丢失基因载体的抗体重构等复杂情况。

一、抗体结构解析为何离不开序列信息？

抗体作为功能高度特异的蛋白分子，其一级结构（即氨基酸序列）决定了抗原识别能力、药理机制、安全性及可开发性。完整解析抗体结构，是抗体药开发、疫苗研究、功能重构、表达系统优化及一致性验证等多个环节的基础。但现实中，科研人员和企业常常面对“仅有蛋白、缺乏基因”的抗体样本，例如从动物免疫获得的天然抗体、已丢失表达载体的历史样本、临床样本中的体液抗体等。在这些情况下，传统依赖mRNA或参考数据库的序列获取方式失效，必须借助质谱驱动的De Novo测序来实现抗体结构的全面解析。

二、De Novo抗体测序的技术流程是怎样的？

1、抗体样本制备

需要的是纯化后的抗体蛋白（如SDS-PAGE条带、亲和纯化产品、浓缩上清）。百泰派克支持样本前处理，包括Protein A/G富集、除盐、浓缩等。

2、多酶酶解与肽段制备

使用多种酶（Trypsin、Chymotrypsin、AspN等）进行并行酶解，生成大量重叠肽段，提高覆盖率。

3、质谱分析（LC-MS/MS）

使用高分辨率质谱仪（如Orbitrap Fusion Lumos）进行MS/MS碎片采集，获得每个肽段的碎片离子图谱。

4、De Novo序列推断与拼接

应用专用算法（如PEAKS、Novor）进行序列识别，并通过拼接逻辑重建出完整的轻链和重链序列。

5、结构验证与功能建模（可选）

可进一步进行序列建模、表达验证或结合位点预测，用于功能分析或抗体工程。

三、解析抗体结构过程中的难点及策略

抗体分子不仅序列较长、结构复杂，关键功能区域（如CDR）还具有高度变异性，这对De Novo测序的覆盖率和准确率提出了极高要求。首先，CDR区域由于酶切位点少、空间结构稳定，往往难以被常规酶充分切割，导致数据覆盖盲区。因此，多酶酶解策略至关重要，它能制造更多重叠片段，从不同角度提升识别能力。其次，抗体轻链与重链同源性强，容易在拼接过程中发生错配，需引入结构模板比对与人工审阅机制进行识别。再次，抗体天然存在糖基化、氧化、脱酰胺等翻译后修饰，这些修饰不仅影响功能，也会导致质谱峰偏移甚至碎片丢失，必须在算法中开启修饰识别功能并结合人工确认。总的来说，De Novo测序不仅依赖硬件平台，更依赖酶解设计、数据整合、结构分析与人工复核等系统策略。

四、De Novo解析抗体常见应用场景

百泰派克生物科技：专业De Novo抗体测序解决方案

作为质谱驱动的蛋白结构解析服务提供商，百泰派克生物科技建立了一套覆盖抗体样本准备、多酶策略设计、高精度质谱分析、自研算法拼接、修饰识别与重组表达验证的完整流程。我们采用Orbitrap Fusion Lumos平台，结合五种不同蛋白酶进行并行消化，生成高覆盖度数据矩阵；在数据处理阶段，融合PEAKS与自主算法，并引入人工校核与结构建模机制，有效提升CDR等关键区段的解析精度。我们为高校、医院、生物药企提供高可信度、高完整度的De Novo抗体结构解析服务，支持：

* 全长抗体序列重建（包含可变区和恒定区）

• CDR高覆盖率解析与建模
• 修饰位点注释 + 差异比对分析
• 重组表达模板设计服务
• 同源抗体数据库比对 + 功能注释

在交付层面，我们不仅提供完整抗体序列，还可选配抗体建模、重组表达模板构建、以及与原抗体的结构比对报告，满足不同客户从科研探索到药物开发的多层级需求。

在抗体研发日益加速、数据完整性要求日益提升的今天，De Novo抗体测序正在从“高端选项”转变为“基础能力”。它不仅解决了无基因序列样本的结构解析难题，也为抗体药的一致性验证、功能重建、专利设计与表达优化提供了技术支撑。通过高精度的质谱平台、科学的酶解设计和严谨的数据分析，百泰派克生物科技致力于为每一位客户提供可表达、可验证、可转化的抗体序列信息。无论您是科研团队，还是抗体药企业，我们都愿意成为您抗体结构解析道路上的可靠伙伴。如您手中已有抗体样本但缺乏序列信息，欢迎联系百泰派克，获取免费样本评估与定制方案，我们将用专业与经验，为您的项目护航。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目